법인세 세액공제 중복적용 배제 및 관련 예규 및 판례
1. 법인세 세액공제 중복적용 배제
법인세법에서는 법인의 세부담을 절감하기 위하여 각종 세액공제를 한편, 이중혜택을 방지하기 위하여 세액공제 중 일부 항목에 대해서는 중복지원을 배제하는 규정을 두고 있습니다. 법인의 법인세 신고 시 적용되는 주요 세액공제에 대한 중복지원 배제 규정은 다음과 같습니다.
1) 투자 및 고용 관련 세액공제
| 구분 | 세액공제 | 세액공제의 적용 |
| 1 | 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률에 따른 수탁ㆍ위탁거래의 상대방인 수탁기업에 설치(무상임대하는 경우 제외)함에 따른 상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제 | 동시에 적용되는 경우 셋 중 하나만 선택하여 적용가능 |
| 통합투자세액공제 | ||
| 고용창출투자세액공제 | ||
| 2 | 중소기업 인력지원 특별법 제27조의2 제1항에 따른 성과공유 중소기업이 상시근로자에게 경영성과급을 지급함에 따른 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제, | 동시에 적용되는 경우 둘 중 하나만 선택하여 적용가능 |
| 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 | ||
| 3 | 고용창출투자세액공제 | 동시에 적용되는 경우 둘 중 하나만 선택하여 적용가능 |
| 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 | ||
| 4 | 고용창출투자세액공제 | 동시에 적용되는 경우 둘 중 하나만 선택하여 적용가능 |
| 중소기업 사회보험료 세액공제 |
2) 조세특례제한법상 외국인 투자에 대한 조세감면 및 증자의 조세감면을 적용받는 법인의 세액공제
외국인 투자에 대한 조세감면 및 증자의 조세감면을 적용받는 법인은 하기의 세액공제 적용으로 산출되는 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인 투자자의 소유주식 또는 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 세액공제로 적용 가능합니다.
- 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률에 따른 수탁ㆍ위탁거래의 상대방인 수탁기업에 설치(무상임대하는 경우 제외)함에 따른 상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제(제8조의 3 제3항)
- 통합투자세액공제(제24조)
- 고용창출투자세액공제(제26조)
- 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(제29조의 2)
- 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(제29조의 7)
- 통합고용세액공제(제29조의 8 제1항)
- 중소기업사회보험료세액공제(제30조의 4)
- 제삼자물류비용에 대한 세액공제(제104조의 14)
- 해외자원개발투자에 대한 세액공제(제104조의 15)
한편, 외국인 투자에 대한 조세감면 및 증자의 조세감면을 적용받는 법인이 하기의 세액공제를 적용할 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용할 수 있으며, 취득세 및 재산세의 감면규정이 모두 적용되는 경우에도 그중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있습니다.
- 창업중소기업 등에 대한 세액감면(제6조)
- 중소기업에 대한 특별세액감면(제7조)
- 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제12조의 2)
- 창업중소기업 및 창업벤처중소기업, 통합법인, 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 및 농업회사법인의 통합법인에 대한 세액감면(제31조 제4항 및 제5항)
- 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양도, 양수의 방법으로 설립되는 법인에 대한 세액감면(제32조 제4항)
- 수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호에 따른 성장관리권역에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2018년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우의 세액감면(제62조 제4항)
- 일정 요건을 갖춰 수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면(제63조 제1항)
- 일정 요건을 갖춰 수도권 밖으로 본사를 이전하는 기업에 대한 세액감면(제63조의 2 제1항)
- 농공단지 입주 기업에 대한 세액감면(제64조)
- 사회적 기업육성법 제2조 제1호에 따라 사회적 기업으로 인정받는 내국인의 법인세 등의 감면(제85조의 6 제1항)
- 장애인고용촉진 및 직업재활법 제22조의 4 제1항에 따라 장애인 표준사업장으로 인증받은 내국인의 법인세 등의 감면(제85조의 6 제2항)
- 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의 9 제2항)
- 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의 11 제1항)
- 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면(제104조의 24 제1항)
- 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(제121조의 8)
- 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(제121조의 9 제2항)
- 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조 17의 제2항)
- 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조 20 제2항)
- 금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등(제121조 21 제2항)
- 첨단의료복합단지 및 국가식품클러스터 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(제121조의 22 제2항)
- 기회발전특구의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조 33 제2항)
3) 세액감면과 세액공제의 중복지원 배제
하기의 조세특례제한법상 세액감면과 세액공제를 동시에 적용할 수 있는 경우 하나만 선택하여 적용할 수 있습니다.
| 세액감면 | 세액공제 |
| 창업중소기업 등에 대한 세액감면(제6조) 중소기업에 대한 특별세액감면(제7조) 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제12조의2) 창업중소기업 및 창업벤쳐중소기업, 통합법인, 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 및 농업회사법인의 통합법인에 대한 세액감면(제31조 제4항 및 제5항) 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업 양도,양수의 방법으로 설립되는 법인에 대한 세액감면(제32조 제4항) 수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호에 따른 성장관리권역에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2018년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우의 세액감면(제62조 제4항) 일정 요건을 갖춰 수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면(제63조 제1항) 일정 요건을 갖춰 수도권 밖으로 본사를 이전하는 기업에 대한 세액감면(제63조의2 제1항) 농공단지 입주 기업에 대한 세액감면(제64조) 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등(제66조) 영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등(제67조) 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등(제68조) 사회적기업육성법 제2조 제1호에 따라 사회적기업으로 인정받는 내국인의 법인세 등의 감면(제85조의6 제1항) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제22조의4 제1항에 따라 장애인 표준사업장으로 인증받은 내국인의 법인세 등의 감면(제85조의6 제2 항) 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의9 제2항) 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의11 제1항) 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면(제104조의24 제1항) 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(제121조의8) 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(제121조의9 제2항) 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조17의 제2항) 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조20 제2항) 금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등(제121조21 제2항) 첨단의료복합단지 및 국가식품클러스터 입주기업에 대한 법인세 등의감면(제121조의22 제2항) 기회발전특구의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제121조33 제2항) |
상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제(제8조의3) 내국법인의 벤쳐기업 등에의 출자에 대한 과세특례(제13조의2) 통합투자세액공제(제24조) 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제(제25의6) 고용창출투자세액공제(제26조) 중소기업사회보험료세액공제(30조의4) (중소기업에 대한 특별세액감면과 동시에 적용되는 경우는 제외) 제3자 물류비용에 대한 세액공제(제104조의14) 해외자원개발투자에 대한 세액공제(제104조의15) 기업의 운동경기부 등 설치,운영에 대한 과세특례(제104조의22) 석유제품 전자상거래에 대한 세액공제(제104조의25) 이스포츠대회운영에 대한 과세특례(제104조의35) 외국인투자기업의 증자분에 대한 조세감면(제122조의4 제1항) 금지금공급사업자가 금지금을 보관기관에 임치하고 해당 금지금을 금 현물시장에서 매매거래를 통하여 2019년 12월 31일까지 공급하거나 금 현물시장에서 금지금을 매수한 사업자(이하 이 항에서 "금지금매수사업자"라 한다)가 해당 금지금을 보관기관에서 2019년 12월 31일까지 인출하는 경우 해당 공급가액 및 매수금액에 대한 세액공제(제126조의7 제8항) |
한편, 창업중소기업 등에 대한 세액감면(제6조)에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(제29조의 7) 또는 통합고용세액공제(제29조의 8)를 적용할 수 없습니다.
3. 관련 예규 및 판례
조세혜택의 중복지원 여부는 사업장을 기준으로 판단하여 구분경리하였다면 세액감면과 세액공제 동시적용 가능, 대법원-2014-두-47662 및 서울고등법원-2014-누-55016
| 조세특례제한법 각 규정의 취지상 조세혜택의 중복지원인지 여부는 내국인이나 거주자 단위가 아니라 사업장을 기준으로 판단하여야 하므로, 동일 과세사업연도 내에서도 각각의 사업장을 구분경리하였다면 세액감면과 세액공제를 동시에 적용할 수 있음 |
세액공제를 먼저 적용하고 세액감면을 적용할지 여부, 조심-2009-구-3975
| 최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인세액감면이 동시에 적용되는 경우 세액공제를 먼저 적용하고 세액감면을 나중에 적용하여 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 정당하다. |
세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용함, 의정부지방법원-2012-구합-2073
| 법인세액 산출에 있어 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세법 제59조 제1항에 따라 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용한 다음 세액공제를 적용하여야 하고, 조세특례제한법 제132조 제1항은 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제 ・ 감면 순서의 예외 규정인 ‘별도의 규정’에 해당하지 아니함 |
최저한세 적용대상 세액공제와 최저한세 적용배제 세액감면이 동시에 적용되는 경우 세액감면이 먼저 적용됨, 의정부지방법원-2012-구합-2073
| 법인세액 산출에 있어 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세법 제59조 제1항에 따라 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용한 다음 세액공제를 적용하여야 하고, 조세특례제한법 제132조 제1항은 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제 ・ 감면 순서의 예외 규정인 ‘별도의 규정’에 해당하지 아니함 |
본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제, 고용창출투자세액공제, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제) 중복적용 가능 여부, 광주지방법원-2020-구합-15154
| 조세특례제한법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에 세액감면과 세액공제가 중복적용이 가능하다는 취지는 이미 세액감면 등이 적용되고 있는 소득이 아니라면 다른 조세지원의 적용도 가능하다는 것으로 보이므로 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않는 본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 중복적용 배제한 이 사건 처분은 적법함 <구체적 내용> 가) 조세지원인 세액감면, 세액공제가 개념적으로 중복 적용될 수 없는 것이라고는 볼 수 없으나, 조세지원의 중복 적용은 구 조세특례제한법 법령 등의 요건을 충족하는 경우에만 가능한 것이다. 그런데 이 사건 배제규정은 내국인이 동일한 과세연도에 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다고 규정하고, 이 사건 예외규정은 이 사건 배제규정을 적용할 때 구 조세특례제한법 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 사건 예외규정이 2013. 1. 1. 신설된 취지는 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않음을 명확화하기 위한 것이었던 것으로 보인다. 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다. 위와 같은 관계 법령의 규정 및 체계를 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제143조의 구분경리는 세액감면을 받는 사업 등의 소득을 구분하도록 하는 것이고, 그 취지는 세액감면 등이 적용되는 소득을 파악하는 데에 있는 것으로 보이는바, 이 사건 예외규정에서 구 조세특례제한법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에 세액감면과 세액공제가 중복적용이 가능하다는 취지는 이미 세액감면 등이 적용되고 있는 소득이 아니라 면, 다른 조세지원의 적용도 가능하다는 것으로 보인다. 라) 이 사건 세액감면은 원고가 본사를 지방으로 이전함에 따른 조세지원으로서 앞서 본 바와 같이 원고의 본사 근무인원을 고려한 이전비율을 적용하여 산정되고, 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않는바, 전체 소득에서 본사 그 자체의 소득의 비중은 크지 않을 수 있다는 점을 고려할 때,3) 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제가 중복 적용되지 않는 것이 부당하다고만 보기 어렵다. |