법인 세무조사 절차 및 소득 처분 등
1. 세무조사의 통지 및 기간 연장
세무공무원이 세무조사를 하는 경우 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일 (과세 전적부심사의 청구가 이유 있다고 인정되어 재조사하는 경우는 7일) 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 등의 사항을 통지하여야 하며, 납세자는 천재지변, 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때, 질병, 장기출장 등으로 세무조사를 받기 어려운 등의 경우에는 관할 세무서장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있습니다.
2. 세무조사 관할 및 대상자 선정
세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하나, 다음의 경우에는 그 관할을 조정할 수 있습니다.
(조사대상 사업연도의 매출액을 기준으로 관할처를 판단하며, 매출액이 500억 원을 초과하는 경우 지방국세청장, 500억 이하인 경우 납세지 관할 세무서에서 조사를 진행하는 경우가 일반적입니다.)
- 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우
- 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우
- 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우
- 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우
3. 세무조사의 결과통지
세무공무원은 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 다음의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고 서면으로 통지하여야 합니다.
- 세무조사 내용
- 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거
- 세무조사 대상 세목 및 과세기간
- 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다)
- 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거
- 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실
- 법 제81조의 15에 따른 과세 전적부심사를 청구할 수 있다는 사실
4. 과세 전적부심사
세무조사의 결과통지를 받은 법인은 결과 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있으며, 이를 과세 전적부심 사라고 합니다.
과세 전적부심 사는 결과통지서를 받은 날로부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구하여야 합니다.
5. 세무조사 시 소득처분
1) 내국법인 등과의 거래에 대한 소득처분
내국법인 등과의 거래에 대해서는 세무조사를 받은 법인과 그 소득이 귀속된 귀속자와의 관계를 고려하여 소득이 처분됩니다.
예) 소득이 귀속된 자가 주주인 경우: 배당 처분
소득이 귀속된 자가 직원인 경우: 상여 처분
이때, 배당으로 처분된 경우 또는 상여로 처분된 경우 각각의 소득 귀속 연도를 확인하여 지급명세서의 제출기한에 맞게 지급명세서를 제출하여야 합니다.
2) 국외특수관계인과의 거래에 대한 과세조정 시 소득처분
세무조사 시 국외특수관계인과의 거래에 대하여 과세조정이 이루어진 경우 그 소득처분은 국제조세조정에 관한 법률에 따릅니다. 이 경우 소득처분된 금액에 대하여 국외특수관계인으로부터 과세조정이 이루어진 금액을 반환받거나, 반환받지 않고 세무조사받은 법인이 부담하는 방법이 있을 수 있습니다.
과세당국은 반환 여부를 확인하기 전까지는 임시유보로 처분하여 임시유보 처분 통지서를 작성하여 통지하여야 하며, 각각의 경우 소득처분은 다음과 같습니다.
a. 국외특수관계인으로부터 반환받는 경우: 이 경우 국외특수관계인으로부터 반환받으려는 금액에 반환이 자를 가산하여 반환받아야 하며, 반환이 자를 포함한 금액을 반환받았음을 확인하는 서류인 이전소득금액 반환확인서를 세무조사에 따른 임시유보처분통지서를 받은 날로부터 90일 이내에 과세 당국에 제출하여야 합니다.
한편, 반환이자는 다음과 같이 계산합니다.
| 반환이자= 반환하려는 금액 X 거래일이 속하는 사업연도 종료일 다음 날부터 이전소득금액 반환일까지의 기간 X 국제금융시장의 실세이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율/365(윤년, 366) |
b. 국외특수관계인으로부터 반환받지 않은 경우: 국외특수관계인으로부터 조정된 소득금액을 반환받지 않은 경우에는 다음과 같이 처분하거나 조정합니다.
- 국제거래의 상대방인 국외특수관계인이 법인이 출자한 법인에 해당하는 경우(자회사 등에 해당하는 경우): 출자의 증가(유보)
- 국제거래의 상대방인 국외특수관계인이 법인의 주주에 해당하는 경우(모회사 등에 해당하는 경우): 배당
- 국제거래의 상대방인 국외특수관계인이 상기에 해당하지 않는 경우: 배당
한편, 상기의 처분이나 조정은 이전소득반환금액 확인서의 제출기한 만료일(세무조사에 따른 임시유보처분통지서를 받은 날로부터 90일)부터 15일 이내에 세무조사를 받은 법인에게 이전소득금액 통지서를 통지하여야 합니다.
이때, 배당은 국외특수관계인의 국내원천소득에 해당하므로, 이전소득통지서를 받은 날에 배당을 지급한 것으로 보아 배당으로 소득 처분된 금액에 대한 배당원천세를 납부하여야 하며(배당원천세율: 법인세법 또는 조세조약에서 정한 배당원천세율을 따름), 이에 대한 지급명세서를 익년 2월까지 제출하여야 합니다.